Ce n'est pas Kojima qui a écrit le jeu, il a juste donné l'idée à Platinum Games.
Kojima voulait à la base une histoire sur Gray Fox (Venom Snake theory proof au passage) qui affronte des zombies sous nanomachines (qu'il voulait écrire de A à Z), puis un jeu sur l'unité Cobra, et ensuite sort la bande-annonce de Metal Gear Solid Rising, préquel apparent du 4 où Raiden devait sauver Sunny à la zone 51 sous Fox Engine, le jeu étant infaisable pour son époque, c'est devenu le jeu qu'on connait fait par Platinum Games.
Le jeu est volontairement parodié du 4 et il y a même des tacles sur la mise en scène de Kojima.